东北红豆杉为耐阴树种，密林下亦能生长，多年生，不成林。多见于以红松为主的针阔混交林内。属浅根性树种，其主根不明显，侧根发达，生于山顶多石或瘠薄的土壤上，多呈灌木状，多散生于阴坡或半阴坡的湿润、肥沃的针阔混交林下。性喜凉爽湿润气候，可耐- 30℃以下低温，抗寒性强，最适温度20-25℃，忌暴热、暴冷和空气干燥。喜湿润，但怕涝，适于在疏松湿润排水良好的砂质壤土上生长。